Weathering with You ฤดูฝัน ฉันมีเธอ 3 (ฉบับการ์ตูน)

โฮดากะ เด็กหนุ่มที่หนีออกจากบ้านได้พบกับเด็กสาวนามฮินะที่โตเกียว เธอมีพลังที่เปลี่ยนแปลงสภาพอากาศหม่นมัวให้กลับมาแจ่มใสได้ ซึ่งพลังนั้นมีราคาที่ต้องจ่ายเป็นการแลกเปลี่ยน
ฮินะกับนากิซึ่งเป็นน้องชายถูกศูนย์คุ้มครองเด็กตามควบคุมตัว ขณะเดียวกัน โฮดากะก็ถูกตำรวจตามล่าในข้อหาหนีออกจากบ้าน

ทั้งสามจึงหลบหนีไปด้วยกันโดยไร้จุดหมายปลายทาง ทว่าในตอนนั้นเอง ฮินะกลับต้องประสบชะตากรรมอันไม่อาจหลีกเลี่ยงในฐานะมิโกะสภาพอากาศ—